春秋战国时期，慈溪境域为越、楚辖地。周元王三年、越王勾践二十四年（前473），建句余城（后改称句章，其址约在今宁波市江北区慈城镇赭山王家坝附近），为句章地。秦设郡县，分属句章、余姚2县，皆隶会稽郡，历两汉、三国、两晋、南朝不变。隋开皇九年（589），并余姚、鄞、鄮3县入句章县。唐武德四年（621），罢郡置州，改会稽郡为越州，置总管府，同时废句章县，析置鄞州、姚州。武德七年（624）废姚州为余姚县，次年废鄞州为鄮县，现境分属鄮、余姚2县，皆隶越州。

唐开元二十六年（738），析鄮县新置慈溪县，隶明州。县治设慈湖南（今属宁波市江北区慈城镇）。县名据传源于东汉孝子董黯故事。延祐《四明志》有载：“黯母尝寝疾，喜饮大隐溪水，不以时得。于是筑室溪傍，以便日汲，厥疾用瘳。溪在今县南一舍，故以慈名溪，又以溪名县。”天宝元年(742)，改明州为余姚郡。乾元元年(758)，复为明州，慈溪县历为所隶。五代梁开平三年(909)，吴越据有明州，并升为望海军，置节度使，慈溪隶明州望海军，属吴越国。

宋太平兴国三年(978)，吴越归宋，设县如旧。庆元元年(1195)，升明州为庆元府，慈溪隶之。元至元十四年(1277)，改庆元府为庆元路。元末，庆元路为方国珍所据。至正二十七年(1367)，朱元璋降方国珍，改庆元路为明州府。明洪武十四年(1381)，避“明”国号，改明州府为宁波府。永乐十六年(1418)，慈溪失县印，恐为歹徒所得，请于朝，诏更铸，改“溪”从“谷”，遂改“慈溪”为“慈谿”，仍隶宁波府。清沿之。咸丰十一年(1861)，太平军李世贤部攻占宁波，一度改宁波府为宁波署。民国元年(1912)废府，慈溪直属浙江省军政府。民国3年设会稽道，慈溪属之。民国16年废道，慈溪直属浙江省政府。民国21年，浙江省设行政督察区，慈溪属第五行政督察区。民国24年后，又历属第六、第三、第二行政督察区。民国38年5月24日，慈溪县治孝中镇(1950年分孝东、孝西2镇，1951年合并2镇称“慈城镇”，即今宁波市江北区慈城镇)解放。6月5日，浙江省第二区专员公署在宁波成立，10月改称“宁波专员公署”，慈溪属之。

1954年10月调整县境，将以植棉为主的镇海、慈溪、余姚3县北部划为慈溪县，移治浒山镇，仍属宁波专区。1956年，文化部和中国文字改革委员会发布的《第一批异体字整理表》实施，复“慈谿”为“慈溪”。1970年，改专区为地区，慈溪县属宁波地区。1979年9月，县境再度调整，析出泗门区归余姚县，划入余姚之龙南区（后改称横河区）。1983年，撤销宁波地区行政公署，其所辖归宁波市，实行市管县体制，慈溪县属宁波市。1988年10月13日，经国务院批准，民政部发文同意撤销慈溪县建制，设立慈溪市(县级)，全市有龙山、观城、逍林、浒山、周巷、横河、长河、庵东8区，浒山镇1个县属镇，仍属宁波市。1992年，撤销8各区公所，境内17个镇、48个乡撤并为21个镇、2个乡。1994年，改田央乡为建制镇，更名为三北镇。1997年，改小安乡为建制镇，更名为杭州湾镇。2001年10月，并观城、师桥、鸣鹤3镇为观海卫镇；并杭州湾镇入周巷镇；撤销浒山、宗汉、坎墩3镇建制，改设为3个街道办事处。2008年7月，撤销三北镇、范市镇建制，划归龙山镇管辖；析浒山街道为浒山、白沙路、古塘3个街道。2013年5月，撤销天元镇建置，其行政区域与周巷镇合并。